En esta nueva entrega, Orfeo, un lector casi tan bueno como Mo o Meggie, llevará a Dedo Polvoriento al Mundo de Tinta, tras diez años fuera de casa, pero no permite a Farid acompañarle en su viaje. Después, el libro cae en manos de Basta y Mortola. Farid corre a casa de Elinor, donde ahora viven también Darius, Meggie y sus padres, para contárselo y rogarle a la niña que lo transporte también a él al Mundo de Tinta para prevenir a Dedo Polvoriento. Pero Meggie decide acompañarle, dejando a sus padres solos.

Cuando Meggie y Farid llegan al Mundo de Tinta, ella va en busca de Fenoglio y él, por supuesto, se reune con Dedo Polvoriento. Cuando lo encuentra, Dedo Polvoriento vive feliz con su ex mujer, la juglaresa Roxana, y el hijo de ésta, Jehan. A la mañana siguiente, van a la ciudad de Umbra a celebrar el cumpleaños de su rey el Príncipe Orondo, muerto en vida tras la muerte de su hijo, Cósimo. Allí se encuentran con Meggie y Fenoglio. A los pocos días, el Príncipe Orondo muere, quedandode heredero al trono de Umbra su nieto, un niño llamado Jacopo. Pero Jacopo también es nieto de Cabeza de Víbora, un hombre malvado y temeroso de la muerte que reina al otro lado del bosque, quien influirá en las decisiones del niño para reinar en todo el Mundo de Tinta. Para evitarlo, Fenoglio decide resucitar con sus palabras y con la ayuda de Meggie como lectora a Cósimo el Guapo de entre los muertos.

Mientras tanto, Mo y Resa viven preocupados tras la marcha de su hija. Un día aparecen en su casa Mortola y Basta que, con la ayuda de Orfeo, los transportan junto con ellos mismos al Mundo de Tinta, dejando a Orfeo al cuidado de Elinor y Darius. Al llegar, Mortola dispara a Mo, dejándolo medio muerto, y se marcha con Basta al Castillo de la Noche, residencia de Cabeza de Víbora. Más tarde, Mo es llevado por los titiriteros a su campamento secreto, donde empieza a curarse. Desde allí le envían una nota a Meggie, advirtiéndola del grave estado de salud de su padre. Ésta le pide a Fenoglio que escriba unas palabras que curen a su padre, y marcha con Farid (ahora su novio) y con Dedo Polvoriento en busca de sus padres.

Cuando llegan al Campamento Secreto, se encuentran con que este ha sido asaltado. Dedo Polvoriento sigue el rastro de los prisioneros mientras Meggie lee las palabras de Fenoglio para ayudar a Mo. Luego llega Bailanubes, otro titiritero, junto con Ortiga, una curandera que ayudó a Mo, que les cuenta que Arrendajo, un bandolero imaginario que Fenoglio inventó en sus canciones y es enemigo de Cabeza de Víbora, tiene el mismo aspecto que Mo. Como las hazañas imaginarias de éste son llevadas a cabo, Cabeza de Víbora mandó secuestrar a Mo. Meggie se dio cuenta de que Fenoglio había tomado como modelo de Arrendajo a su padre, y como algunos titiriteros cumplían las hazañas imaginarias de éste, Mo llevaba toda la culpa. Después, por medio de Bailanubes, mandan un recado para Roxana, para que no se preocupara de la ausencia de Dedo Polvoriento, y otro para Fenoglio, en el que le piden ayuda. Con sus palabras y con la voz de Meggie, podrían salvar a los titiriteros, a Resa y a Mo. Más tarde, Farid y Meggie siguen a Dedo Polvoriento a través del bosque.

Cuando Bailanubes lleva el recado a Fenoglio y éste lo lee, aparecen Basta y Rajahombres, otro de los antiguos secuaces de Capricornio que ahora trabajan para Cabeza de Víbora, que matan a Bailanubes y se apoderan de la nota. En esta aparecía dónde iban a esperar Farid, Meggie y Dedo Polvoriento la ayuda de Fenoglio, un lugar llamado el Molino de los Ratones.

Cuando llegan allí Meggie, Farid y Dedo Polvoriento, se encuentran con Basta y otro secuaz de Cabeza de Víbora, y consiguen escapar, aunque Dedo Polvoriento queda herido, y no obtienen ninguna carta. Luego marchan hasta el Hospital de Incurables, donde está Búho Sanador, el mejor curandero (o barbero) del Mundo de Tinta, para curar a Dedo Polvoriento.

Mientras, Fenoglio ha hablado con Roxana para que ella misma lleve el mensaje a Meggie. También habla con Cósimo, que pretende emprender una guerra contra Cabeza de Víbora.

Cuando Roxana encuentra a Meggie, Farid y Dedo Polvoriento, ésta empieza a leer. Las palabras hablan de que Meggie vaya al Castillo de la Noche y haga un trato con Cabeza de Víbora: hacerle inmortal a cambio de la libertad de sus padres y de los demás titiriteros. Pero también hablan de que Meggie lo engañe y acabe matándolo, y de que Cósimo gane la guerra. A Meggie la interrumpen cuando está leyendo y la llevan al Castillo de la Noche. El principio del plan saldrá bien, pero nada es seguro respecto a lo que Meggie no pudo leer.

Todo está saliendo bien, salvo que Cósimo y sus hombres pierden la guerra y mueren casi todos. Pero desgraciadamente, Mortola se apodera del papel que tiene Meggie y se entera del engaño, con lo que lo impide. Así que Cabeza de víbora se vuelve inmortal. Pero cumple su parte del trato y libera a los prisioneros.

Cuando éstos salen del Castillo, Dedo Polvoriento, Farid y otros titiriteros que no estaban prisioneros vigilan su liberación, previendo alguna trampa. Afortunadamente, porque Cabeza de Víbora mandó a otros secuaces a interceptarles el paso y matarlos. En medio de la lucha, Basta mata a Farid, pagándolo con su muerte a manos de Mo. La noticia afecta a todos, sobre todo a Meggie y a Dedo Polvoriento. Pero éste último hace un trato con las Mujeres Blancas, servidoras de la muerte, para que lo devuelvan a la vida a cambio de su propia muerte. Esto rompe el corazón a Roxana y al propio Farid, quien, con la ayuda de Meggie y Fenoglio, lleva al Mundo de Tinta a Orfeo para que escriba algo para resucitar a Dedo Polvoriento. Éste accede, aunque obliga a Farid a ser su criado durante el tiempo que tarde en completar su cometido.

La historia acaba con muchos problemas que seguramente se resolverán en Muerte en tinta, el último volumen de la trilogía.

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Mo, el padre de Meggie, se está dedicando a proteger a las familias humildes de Umbra de su nuevo gobernador Pardillo, hermano de la esposa de Cabeza de Vívora. Pese a todo, está más preocupado por Resa, que se halla embarazada.

Mientras tanto, Farid trabaja como criado para Orfeo, que ahora es rico gracias a los tesoros que hace aparecer con la lectura. Farid intenta persuadirlo de que escriba para traer de vuelta a Dedo Polvoriento, aunque Orfeo no lo hace pues disfruta de su nueva vida.

Finalmente, es Resa la que consigue convencerle para que escriba, pidiéndole dos favores: que escriba para traer de vuelta a Dedo Polvoriento de entre los muertos y que consiga preparar algunas palabras que transporten tanto a Meggie y Mo, como a ella a casa de Elinor.

Orfeo decide tenderle una trampa a Mo, pues se siente celosos de sus habilidades. Intenta que la Muerte lo retenga como pago por la vuelta del escupefuego.La Muerte no se deja engañar por las palabras, y le propone a Mo un trato: si consigue asesinar a Cabeza de Vívora, destruyendo el libro que le hacía inmortal, ella le dejaría en paz. en cambio, si fracasaba, cobraría su vida junto con la de Meggie y la de Dedo Polvoriento.

Orfeo, furioso por que su plan de destruir a Mo no había funcionado, se alía con Cabeza de Vívora para acabar con él de una vez por todas. Le engatusa diciendo que es un mago y que puede conseguir cualquier cosa que el monarca le pida. Cabeza de Vívora se ve complacido y lo acepta entre sus filas.

Para poder cumplir su acuerdo, Mo se alía con Violante (hija de Cabeza de Vívora), la cual está ansiosa por destruir a su padre. Al mismo tiempo, los bandidos evacúan a todos los niños de Umbra, pues se ha corrido el rumor de que van a enviarlos a las minas de plata. Se instalaron en una cueva durante una temporada, pero se tuvieron que marchar, debido a que alguien había alertado a los soldados de la presencia de los titiriteros. Se instalaron unos kilómetros más al norte, en un árbol lleno de nidos para guardar a los niños de los gigantes de las montañas. Aunque estaba en desuso, consiguen hacerlo habitable usando lianas y cuerdas.

Violante, Mo y Dedo Polvoriento, se instalan junto con los niños-soldados de la princesa, en el Castillo del Lago, patria de la madre de Violante.

Resa, mientras tanto, se ha escapado del campamento y se dedica a buscar a Mo, en compañía de un joven bandido. Tras encontrarse el cadáver de Mortola (la madre de Capricornio) consigue unas bayas que la transforman en golondrina, permitiéndola entrar en el castillo sin ser vista por los soldados de Cabeza de Víbora, que se hallan sitiándolo.

Finalmente, Cabeza de Vívora obliga a Mo a encuadernarle otro libro, pues el anterior lo estaba pudriendo en vida. Mo se puso a trabajar, aunque esperaba que Dedo Polvoriento le trajera el libro anterior. No fue él quien lo trajo, sino Jacopo, el hijo de Violante, el cuál se hayaba enfadado con su abuelo por la forma que tenía de tratar a su madre. Mo escribió las tres palabras "corazón, sangre y muerte", acabando así con la vida de Cabeza de Vívora.

Cuando vuelven al campamento, se encuentran con que Elinor y Darius también han logrado entrar en la historia.

Farid le pide a Meggie que se vaya con él de ciudad en ciudad, pero ella lo rechaza, pues se había enamorado de un bandido llamado Doria.

Al final, Violante consigue el trono de Umbra, y se dispone a declarar una guerra a la viuda de Cabeza de Vívora. Mientras tanto, Resa tuvo el niño en una granja apartada.